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      DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)

      项目介绍
      参数
      常见问题
      应用案例

       

      DNA 6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

       

      N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,

      在细菌、藻类及植物基因组中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。

      6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DNA片段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。

       

      用心服务每一个项目

      专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

      国内较早开发6mA-seq技术团队之一, 严格的内参质控;

      已经完成藻类及动植物及人等多个物种6mA-seq项目经验;

      专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

       

       

      科学方案设计

      从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

      每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

       

       

      样本类型和要求

      样本类型

      样本要求

      基因组DNA

      总量≥ 5ug; 浓度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

      动植物、藻类、低等生物等

      按照送样要求准备

      备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

       

       

      数据分析

      6mA-IP Seq

      分析内容

      备注

      标准分析

      1、测序数据质量评估

      过滤掉低质量数据,保证数据质量

      2、与参考基因组比对

      测序Reads 在基因组上的分布

      3、6mAPeak峰Calling

      6mADNA富集区域鉴定

      4、6mAPeak图谱分析

      6mAPeak在基因组,染色体,功能元件上的分布

      6、组间差异6mAPeak分析

      寻找6mADMR及注释

      7、差异6mAPeak基因分析

      相关基因GO,KEGG富集分析

      高级分析

      8、多组学整合关联分析

      例如与转录组关联分析

      9、其它定制化分析

      结合课题背景亮点挖掘

       

       

       

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      案例分析:衣藻基因组6mA甲基化谱研究

      N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas.Cell. 2015;7;161(4):879-892.

      一、研究背景

      N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型。6mA在细菌中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能还不清楚。

      二、方法流程

      取材:单衣藻(Chlamydomonas)

      测序:6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

      验证:UHPLC-MS/MS: 整体6mA水平

      三、研究结果

      1、对衣原体基因组中的6mA进行了全面的分析,在84%的基因中鉴定出6mA修饰;

      2、6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有双峰分布,并显示出激活基因的标记;

      3、在6mA分布存在周期性模式, 与TSS附近的核小体分布有关,表明在核小体位置上可能起到作用。

      四、研究结论

      6mA的全基因组图谱及其在衣藻基因组中的独特分布表明6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用

       

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